Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"Penggunaan enzim lipase dalam mendegredasi senyawa hidrokarbon dinilai ramah lingkungan. Tujuan penelitian adalah untuk mengetahui aktivitas lipolitik isolat bakteri DJR 1.1 yang diisolasi dari lumpur vulkanik. Enumerasi menggunakan TPC menunjukkan adanya peningkatan sel setelah 24 jam pada medium dengan penambahan yeast extract, dari 4,57 x 109 CFU/mL menjadi 2,53 x 1010 CFU/mL, sedangkan pada medium dengan penambahan glukosa terjadi penurunan, dari semula 7,37 x 1010 CFU/mL menjadi 1,49 x 1010 CFU/mL. Pertumbuhan tertinggi terjadi setelah 48 jam, yaitu menjadi 3,88 x 1011 CFU/mL pada medium dengan penambahan glukosa dan menjadi 6,68 x 1011 CFU/mL pada medium dengan penambahan yeast extract. Setelah 72 jam, jumlah sel mengalami penurunan menjadi 5,91 x 1010 CFU/mL pada medium dengan penambahan glukosa dan 2,42 x 1011 CFU/mL. Hasil uji emulsifikasi menunjukkan tidak terbentuknya emulsi. Hasil uji kualitatif menunjukkan pembentukan zona perpendaran (halo) di sekitar koloni akibat penurunan pH. Hasil uji kuantitatif menggunakan metode titrasi menunjukkan ada peningkatan aktivitas lipolitik dari 2,33 U menjadi 3,63 U untuk medium yang ditambahkan glukosa dan dari 2,35 U/mL/min menjadi 3,12 U untuk medium yang ditambahkan yeast extract setelah masa inkubasi 48 jam.

---

The use of lipase enzymes in the degradation of hydrocarbon compounds is considered environmental friendly. The purpose of the study was to determine the lipolytic activity of bacterial isolate DJR 1.1 isolated from volcanic mud. Enumeration using TPC showed an increase in cells after 24 hours, Enumeration using TPC showed an increase in cells after 24 hours in yeast extract-addition medium, from 4.57 x 109 CFU/mL to 2.53 x 1010 CFU/mL, while in glucose-addition medium there was a decrease, from 7.37 x 1010 CFU/mL to 1.49 x 1010 CFU/mL. Maximum growth occurred after 48 hours, which became 3,88 x 1011 CFU/mL in glucose-addition medium and 6,68 x 1011 CFU/mL in yeast extract-addition medium. The number of cells decreased to 5,91 x 1010 CFU/mL in glucose-addition medium and 2,42 x 1011 CFU/mL in yeast extract-addition medium after 72 hours. Emulsification test results show no formation of emulsions. Qualitative test results showed the formation of halos around the colony due to a decrease in pH. Quantitative test results using titration method showed an increase in lipolytic activity from 2.33 U to 3.63 U for glucose-added medium and from 2.35 U to 3.12 U/mL/min for yeast extract-added medium after 48 hours incubation."

"Penapisan amilase 32 isolat actinomycetes dari sedimen pesisir dan serasah lamun Pulau Pramuka, Kepulauan Seribu, DKI Jakarta dilakukan secara kualitatif dan semi-kuantitatif menggunakan metode iodin. Penapisan amilase dari isolat secara kualitatif pada medium starch agar dilakukan dengan mengukur lebar clear zone dan diekspresikan dalam nilai indeks aktivitas. Penapisan amilase secara semi-kuantitatif pada medium pertumbuhan starch broth dilakukan dengan spektrofotometer pada panjang gelombang cahaya 620 nm. Pengukuran kadar glukosa yang terbentuk dan aktivitas amilase dari isolat terpilih dalam medium soluble starch 1% (SBs) dan tepung beras 1% (SBb) dilakukan dengan metode Dinitrosalicylic Acid (DNS) pada panjang gelombang 540 nm. Hasil penapisan amilase kualitatif menunjukkan indeks aktivitas amilase tertinggi diperoleh dari isolat SD 5 (4,259), SD 13 (4,154), SD 14 (3,457), dan SD 15 (4,436). Sementara itu, hasil penapisan amilase semi-kuantitatif menunjukkan isolat SD 13 memiliki transmitansi tertinggi dengan nilai 64,3% dan aktivitas amilase diukur lebih lanjut dengan metode DNS. Hasil uji kadar glukosa menunjukkan bahwa isolat SD 13 dalam SBs menghasilkan kadar glukosa yang lebih tinggi (6.379,345 μg/mL) dibandingkan dengan isolat SD 13 SBb (3.254,741 μg/mL). Aktivitas amilase SD 13 pada medium SBs lebih tinggi (26,124 ± U/mL) dibandingkan dengan aktivitas amilase pada medium SBb (14,205 U/mL). Tingginya aktivitas amilase pada SBs tersebut setara dengan banyaknya kadar glukosa yang terbentuk. Isolat SD 13 teridentifikasi secara molekuler berdasarkan data sekuens gen 16S rRNA sebagai anggota dari spesies Streptomyces champavati.

---

Amylase activity of 32 Actinomycetes isolates from coastal sediment and seagrass litter of Pramuka Island, Kepulauan Seribu, DKI Jakarta were screened using two different methods involving iodine in starch medium. The first amylase screening test using starch agar was performed by measuring width of the clear zone and was expressed in activity index value. The second amylase screening test used starch broth for was done by using spectrophotometer in 620 nm of wave length.The first result showed amylase activity index is highest in SD 5 (4.259), SD 13 (4.154), SD 14 (3.457), and SD 15 (4.436) respectively. The second result indicated SD 13 has the highest transmittance of 64,3% and its glucose concentration and amylase activity was further measured using Dinitrosalisylic acid (DNS) method with two different media; 1% soluble starch (SBs) dan 1% rice flour (SBb) in 540 nm of wave length. The result showed that SD 13 isolate in SBs medium has higher glucose concentration (6,379.345 μg/mL) than in SBb (3,254.741 μg/mL). Amylase activity assay result indicated that SD 13 in SBs produced amylase with 26.124 of Enzyme Unit (U/mL), higher than in SBb (14.205 U/mL). The result was supported by the previous glucose concentration measurement. Molecular identification based on 16S rRNA gene sequences showed that SD 13 belongs to Streptomyces champavati."

"Bakteri pendegradasi naftalena dapat diisolasi dari lumpur vulkanik yang kaya akan organik bahan seperti hidrokarbon aromatik. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk mengisolasi isolat bakteri yang mampu menurunkan naftalena dan mengkarakterisasi penggunaan isolat metode fenotipik dan molekuler. Isolasi isolat bakteri dilakukan dengan menggunakan a metode penyebaran setelah melalui teknik pengayaan di Bushnell-Haas (BH) sedang ditambah dengan bahan bakar diesel 1% (w / v). Bakteri isolat DRK 9.1 diperoleh dari sampel lumpur di Desa Renokenongo, Sidoarjo. Isolat ditanam di Bushnell- Haas medium dengan penambahan ekstrak ragi 0,5% (b / v) dan naphthalene 0,02% (b / v). Penambahan ekstrak ragi diyakini mampu meningkatkan pertumbuhan hidrokarbon mendegradasi bakteri dan degradasi hidrokarbon. Pencacahan dilakukan dengan menggunakan Metode Jumlah Lempeng Total dan degradasi naftalena ditentukan kuantitatif dengan Kromatografi Cair Kinerja Tinggi (HPLC). Hasilnya terungkap isolat DRK 9.1 mampu tumbuh dalam medium dengan penambahan ekstrak ragi 0,5% (b / v) dan 0,02% naftalena (b / v), dengan jumlah sel total meningkat setelah 24 jam dari 2,71 x 109 menjadi 5,61 x 1010 CFU / mL dan menurun setelah 96 jam menjadi 2,83 x1010 CFU / mL. Hasil analisis HPLC mengungkapkan bahwa isolat bakteri DRK 9.1 bisa menurunkan naphthalene hingga 70,42% setelah 24 inkubasi dan 99,59% setelah 96 jam inkubasi. Karakterisasi bakteri dilakukan dengan pengamatan fenotipik, uji biokimia, dan metode molekuler menggunakan gen 16S-rRNA. Hasil dari fenotipik dan karakterisasi biokimia menunjukkan bahwa isolat DRK 9.1 memiliki karakteristik dari bakteri yang menjadi anggota genus Pseudomonas. Isolat menunjukkan Kemiripan 99,64% dengan Pseudomonas aeruginosa JCM5962.

---

Naphthalene degrading bacteria can be isolated from volcanic mud that is rich in organic materials such as aromatic hydrocarbons. The purpose of this study was to isolate bacterial isolates capable of reducing naphthalene and characterize the use of phenotypic and molecular isolates. Isolation of bacterial isolates was carried out using the spread method after the enrichment technique in Bushnell-Haas (BH) was being added with 1% (w / v) diesel fuel. DRK 9.1 isolate bacteria were obtained from mud samples in Renokenongo Village, Sidoarjo. Isolates were grown in Bushnell-Haas medium with yeast extract 0.5% (w / v) and naphthalene 0.02% (w / v). The addition of yeast extract is needed to increase hydrocarbon growth degrade bacteria and degradation of hydrocarbons. Enumeration was carried out using the Quantity Plate Method and the degradation was determined quantitatively by High Performance Liquid Chromatography (HPLC).

It was revealed that DRK 9.1 isolate was able to grow in the medium by requiring yeast extract 0.5% (w / v) and 0.02% naphthalene (w / v), with the total cell count increasing after 24 hours from 2.71 x 109 to 5 .61 x 1010 CFU / mL and decreases after 96 hours to 2.83 x1010 CFU / mL. The HPLC analysis results revealed 9.1 DRK bacterial isolates can reduce naphthalene to 70.42% after 24 incubations and 99.59% after 96 hours of incubation. Bacterial characterization was carried out by phenotypic experiments, biochemical tests, and molecular methods using the 16S-rRNA gene. The results of phenotypic and biochemical characterization showed that DRK 9.1 isolate had characteristics of bacteria that belong to the genus Pseudomonas. Isolates showed 99.64% Similarity with Pseudomonas aeruginosa JCM5962."

"Naphthalene adalah polutanik aromatik hidrokarbon (PAH) polutan hadir di lingkungan Hidup. Penghapusan naftalena dapat dicapai dengan biodegradasi menggunakan bakteri. Lumpur vulkanik mengandung bahan organik termasuk PAH, dan dapat mendukung pertumbuhan bakteri pendegradasi hidrokarbon. Strain bakteri Pseudomonas aeruginosa DRK 9.1 adalah diisolasi dari Lumpur Vulkanik di Desa Renokenongo, Sidoarjo. Tujuannya Penelitian adalah untuk menentukan kemampuan Pseudomonas aeruginosa DRK 9.1 untuk terdegradasi naftalena dengan penambahan glukosa sebagai stimulan pertumbuhan. Pseudomonas aeruginosa DRK 9.1 ditanam di media Bushnell-Haas dengan penambahan naphthalene 0,02% (b / v) dan glukosa 0,5% (b / v). Enumerasi sel bakteri dilakukan menggunakan Total Plate Count (TPC) dan degradasi naftalena ditentukan secara kuantitatif menggunakan Kromatografi Cair Kinerja Tinggi (HPLC). Hasilnya menunjukkan bahwa sel jumlah total meningkat dari 6,18 x 109 CFU / mL menjadi 2,10 x 1011 CFU / mL setelah 24 jam inkubasi. Setelah 96 jam inkubasi, jumlah sel menurun menjadi 3,32 x 1010 CFU / mL. Hasil biodegradasi naftalena oleh HPLC menunjukkan konsentrasi naftalena menurun masing-masing sebesar 40,85% dan 82,47% setelah inkubasi 24 dan 96 jam.

---

Naphthalene is an aromatic hydrocarbon pollutant (PAH) pollutant present in the environment. Elimination of naphthalene can be achieved by biodegradation using bacteria. Volcanic mud contains organic matter including PAH, and can support the growth of hydrocarbon degrading bacteria. The Pseudomonas aeruginosa DRK 9.1 bacterial strain was isolated from Volcanic Mud in Renokenongo Village, Sidoarjo.

The research objective is to determine the ability of Pseudomonas aeruginosa DRK 9.1 to degrade naphthalene by adding glucose as a growth stimulant. Pseudomonas aeruginosa DRK 9.1 was planted in Bushnell-Haas media with the addition of 0.02% (w / v) naphthalene and 0.5% (w / v) glucose. Enumeration of bacterial cells was carried out using Total Plate Count (TPC) and naphthalene degradation was determined quantitatively using High Performance Liquid Chromatography (HPLC).

The results showed that the total cell count increased from 6.18 x 109 CFU / mL to 2.10 x 1011 CFU / mL after 24 hours of incubation. After 96 hours of incubation, the number of cells decreased to 3.32 x 1010 CFU / mL. The results of naphthalene biodegradation by HPLC showed that naphthalene concentrations decreased by 40.85% and 82.47% after 24 and 96 hours incubation, respectively."

"ABSTRAKAntibodi poliklonal matriks 1 Virus Influenza A H1N1 dapat dimanfaatkan untuk pendeteksian antigen matriks 1 dalam pengembangan sistem diagnostik maupun pengembangan vaksin virus influenza A. Antibodi poliklonal antara lain dapat diperoleh dengan imunisasi kelinci menggunakan antigen rekombinan M1. Protein rekombinan M1 yang digunakan sebagai antigen diekspresikan pada EscherichiacoliBL21 dan dipurifikasi menggunakan resin Ni¬NTA, kemudian digunakan dalam imunisasi 1 ekor kelinci betina, Oryctalogouscuniculus,galur NewZealandWhite. Respon antibodi spesifik M1 diuji dengan ELISA dan westernblot. Hasil uji ELISA yang dinilai pada panjang gelombang 450 nm, menunjukkan titer antibodi yang tinggi pada serum paska imunisasi terhadap antigen M1 rekombinan (0,544) dibandingkan dengan serum pra imunisasi (0,102).Hasil uji westernblotmenunjukkan adanya reaktivitas serum kelinci paska imunisasi dengan pita protein berukuran ~27 kDa, yang diartikan sebagai adanya respon antibodi spesifik terhadap antigen M1, sedangkan serum kelinci pra imunisasi tidak memperlihatkan reaksi dengan pita protein berukuran 27 kDa tersebut. Terlihat pula adanya reaksi non spesifik yang relatif lemah terhadap pita protein lainnya, baik pada serum paska imunisasi maupun pra imunisasi yang menunjukkan adanya residu protein EscherichiacoliBL21 pada sediaan antigen M1 hasil purifikasi. Antibodi poliklonal yang diperoleh dapat digunakan untuk mendeteksi antigen M1 baik untuk pengembangan uji diagnostik maupun vaksin influenza A H1N1.

---

ABSTRACTPolyclonal antibody against influenza A H1N1 matrix 1 protein can be utilized for detection of matrix 1 antigen in the development of Influenza A diagnostic system and vaccine. Polyclonal antibody can be obtained by rabbit immunization using M1 recombinant antigen. M1 recombinant proteins that will be used as antigen was expressed in EscherichiacoliBL21 and purified using Ni-NTA resin. This recombinant antigen was used for immunization of female rabbit, Oryctalogouscuniculus,NewZealandWhitestrain. M1-specific antibody responses were tested by ELISA and westernblot. ELISA test results at a wavelength of 450 nm, showed a high antibody titer in the post-immunization serum against the recombinant antigen M1 (0,544) compared with the preimmunization serum (0,102). Westernblottest results showed reactivity of post-immunized serum against a band of ~ 27 kDa protein, which indicate the presence of specific antibody response against M1 antigen, whereas preimmunization rabbit serum showed no reaction with the 27 kDa protein band. The existence of non-specific reactions that are relatively weak against other protein bands was also observed , both in the post-immunization and pre-immunization sera, indicating the presence of residual E.coliprotein in the purified M1 antigen preparation. The Polyclonal antibody obtained in this study can be used to detect M1 antigen, for development of H1N1 Influenza A diagnostic test and vaccine."

"ABSTRAKProtein Voltage dependent anion channel 3 (VDAC3) merupakan salah satu kandidat antigen untuk pengembangan metode imunokontrasepsi pada pria. Penelitian bertujuan membuat konstruksi vektor rekombinan gen VDAC3 pada vektor pET100/D-TOPO melalui metode directional TOPO® cloning. Fragmen gen VDAC3 target berukuran 600 bp diamplifikasi dari cDNA yang berasal dari mRNA sel sperma manusia dengan primer spesifik gen VDAC3 ekson 6--10. Gen VDAC3 target disisipi sekuens CACC pada ujung 5? untuk ligasi pada vector menggunakan topoisomerase I. Vektor rekombinan hasil transformasi dengan metode kejutan panas pada sel E. coli TOP10 diseleksi menggunakan medium ampisilin. Analisis transforman dengan PCR colony menggunakan primer gen VDAC3 rekombinan menghasilkan pita DNA berukuran 607 bp. Hasil penelitian menunjukkan gen VDAC3 telah berhasil dikonstruksi ke dalam plasmid pET100/D-TOPO.

---

ABSTRACTVoltage-dependent anion channel 3 (VDAC3) protein is one of antigen candidate for the development of methods immunecontraception in males. The research aims to create a recombinant gene vector construction of VDAC3 gene on pET100/D-TOPO vector via directional TOPO® cloning method. VDAC3 target gene fragment size 600 bp was amplified from cDNA derived from mRNA of human sperm cells with the gene specific primers VDAC3 exons 6--10. VDAC3 target gene inserted at the end of the 5? CACC sequence for ligation to the vector using topoisomerase I. Recombinant vector which is transformed by heat shock on the cell E. coli TOP10 selected using ampicillin medium. Analysis of transformants by colony PCR using the primers VDAC3 recombinant gene produced 607 bp DNA band size. The results of the study showed VDAC3 gene has been successfully constructed into the plasmid pET100/D-TOPO."

"ABSTRAKTelah dilakukan penelitian yang bertujuan untuk menginduksi responspertahanan tanaman tembakau oleh lipopolisaakrida (LPS). LPS diekstraksi daribakteri Pseudomonas syringae pv. tabaci (Pta) dan P. syringae pv. glycinea (Pgl).Respons pertahanan tanaman yang diamati adalah deposisi callose dan ekspresigen terkait pertahanan (PAL, HIN 1 dan HSR 203J). Untuk pengamatan deposisicallose, daun tembakau diinfiltrasi dengan LPS Pta dan Pgl (400 µg/ml dan 800µg/ml) serta diinkubasi selama 24 dan 48 jam. Selanjutnya, klorofil daundiluruhkan menggunakan larutan laktofenol dan diwarnai dengan aniline blue.Deposisi callose diamati dibawah mikroskop fluoresensi. Hasil pengamatanmenunjukkan LPS bakteri Pgl menginduksi deposisi callose lebih banyakdibandingkan LPS bakteri Pta. Pengamatan ekspresi gen-gen terkait pertahanandilakukan pada daun tembakau yang diinfiltrasi dengan 400 µg/ml LPS bakteriPta and Pgl, serta diinkubasi selama 6 jam. Hasil RT-PCR terhadap dauntembakau menunjukkan LPS bakteri Pta dan Pgl mampu menginduksi ekspsresigen HIN 1, tetapi tidak mampu menginduksi ekspresi gen PAL dan HSR 203J.Gen HIN 1 terekspresi lebih kuat pada daun tembakau yang diinduksi oleh LPSbakteri Pgl daripada LPS Pta. Hasil penelitian mengindikasikan bahwa LPSbakteri Pgl menginduksi respons pertahanan daun tembakau lebih baik daripadaLPS bakteri Pta.

---

AbstractThe aim of this study is to know the induction of tobacco defenseresponses by using lipopolysaccharides (LPS) which extracted from twophytopathogen, Pseudomonas syringae pv. tabaci (Pta) and P. syringae pv.glycinea (Pgl). The plant defense responses that observed are callose depositionand expression of defense-related genes (PAL, HIN 1 and HSR 203J). To detectcallose deposition, tobacco leaves were infiltrated with 400 µg/ml and 800 µg/mlLPS Pta and Pgl, then incubated for 24 or 48 hr. Tobacco leaves were cleared inlactophenol solution, stained with aniline blue, then visualized by fluorescencemicroscopy. The result showed that LPS from Pgl induced more callosedeposition than that from Pta in tobacco leaves. To investigate defense-relatedgenes expression, tobacco leaves were infiltrated with 400 µg/ml LPS extractedfrom Pta and Pgl, then incubated for 6 hr. Analysis of defense-related genesexpression were conducted by RT-PCR and visualized by electrophoresis on a1.8% agarose gel. The result showed LPS Pta and Pgl can induce expression ofHIN 1 gene in tobacco leaves, but can not induce the PAL and HSR 203J genes.The HIN 1 gene was highly expressed in tobacco leaves induced by LPS Pgl. Theresult indicates that tobacco could effectively recognize LPS of nonhost pathogenPgl but not in host pathogen Pta."

"Penelitian karakterisasi produk gen sintetik lipase Thermomyces lanuginosus yang diekspresikan oleh Bacillus subtilis DB104 rekombinan K7 bertujuan untuk mengetahui pengaruh suhu, pH, dan ion logam terhadap aktivitas lipase. Bacillus subtilis DB104 promXynAQ1 non rekombinan digunakan sebagai kontrol. Lipase rekombinan optimal diproduksi pada media LB yang mengandung substrat minyak zaitun 1% selama 24 jam. Aktivitas lipase rekombinan diuji pada berbagai variasi perlakuan suhu (40°C--80°C), pH (5--10), dan penambahan ion logam menggunakan metode uji aktivitas spektrofotometri p-nitrofenil palmitat (pNPP assay). Data aktivitas spesifik lipase rekombinan dianalisis menggunakan data standar deviasi. Hasil penelitian menunjukkan bahwa lipase rekombinan aktif maksimal pada suhu 80°C dan optimal pH 8 dengan aktivitas spesifik sebesar 1,488 U/mg. Penambahan ion logam Ca2+, Mg2+, Cu2+, dan senyawa pengelat EDTA berpengaruh menghambat aktivitas enzim lipase rekombinan.

---

The research of characterization of lipase Thermomyces lanuginosus synthetic gene product expressed by recombinant Bacillus subtilis DB104 had been conducted to investigate the effects of temperature, pH, and metal ions toward the enzymatic activity. Non recombinant lipase of Bacillus subtilis DB104 promXynAQ1 was used as control. Recombinant lipase was optimally produced using LB media containing 1% olive oil during 24 hours incubation time. Recombinant lipase was assayed in various treatments of temperature (40°C--80°C), pH (5--10), and metal ion addition using spectrophotometric method of p-nitrophenyl palmitate assay (pNPP assay). Specific activity of recombinant lipase data were analyzed with deviation standard. Experiment results showed that activity of recombinant lipase is maximum at temperature 80°C and optimum at pH 8 in the amount of 1,488 U/mg. The presence of metal cations Ca2+, Mg2+, Cu2+, and chelating-agent EDTA gave an inhibitory effect on recombinant lipase activity."