Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"ABSTRAKArus migrasi yang tinggi dan masalah keterbatasan lahan di Jakarta berdampak pada tumbuhnya permukiman alami dengan infrastruktur pemukiman dan layanan sanitasi yang tidak memadai. Bahkan faktanya masih ada rumah tangga yang melakukan praktik buang air besar sembarangan. Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi pola tingkat kelayakan fasilitas pembuangan tinja pada rumah tangga dengan mengadaptasi kriteria sanitation ladder, dan meneliti pengaruh karakteristik rumah tangga terhadap adopsi fasilitas pembuangan tinja layak. Analisis penelitian menggunakan pendekatan kuantitatif dengan metode regresi logistik multinomial, dan sampel penelitian menggunakan mikrodata Susenas tahun 2017. Hasil penelitian menunjukkan 85,64% fasilitas pembuangan tinja pada rumah tangga di Jakarta termasuk kategori layak, yaitu 68,81% kategori layak-sendiri dan 16,83% kategori layakbersama. Sedangkan 14,36% tergolong kategori tidak layak. Variabel yang berpengaruh signifikan terhadap kategori layak-sendiri adalah non-migran risen, pendidikan tinggi, jumlah anggota ≥4 orang, kawin, perempuan, dan penghasilan tinggi. Penyimpangan terjadi pada status pekerjaan, dimana status tidak bekerja cenderung memiliki kategori layak. Namun ketika diteliti lebih lanjut, status tidak bekerja memiliki kesejahteraan yang baik. Studi ini merekomendasikan kolaborasi antar dinas dan sinergi program daerah dalam menekan angka 14,36% kategori tidak layak dan mencapai target 100% sanitasi layak dan aman. Rekomendasi perumusan disain kebijakan dan pemilihan intervensi ditujukan terhadap faktor predisposisi (karakteristik rumah tangga) yang berpengaruh signifikan dan faktor pemungkin (sarana dan layanan), untuk menghasilkan capaian yang komprehensif.

---

ABSTRACTHigh migration and limited land in Jakarta have resulted in the growth of natural settlements with inadequate housing infrastructure and sanitation services. In fact, there are households that practice open defecation. This study aims to identified pattern of the feasibility of disposal facilities in the household by adapting sanitation ladder criteria, and examine the effect of household characteristics on the adoption of feasible disposal facilities. The research analysis is using quantitative approach with multinomial logistic regression methods, with research samples using Susenas microdata in 2017. The researchanalysis is using quantitative approach with multinomial logistic regression methods, and research samples using Susenas microdata in 2017. The results showed 85.64% households in Jakarta were included in the feasible, including 68.81% the feasible category and 16.83% the shared category. Whereas 14.36% is classified as inadequate category. Variables that have a significant effect on the feasible category are non-migrant risen, higher education, the number of members ≥4 people, marriage, women, and high income. Deviations occur in employment status, where the status of not working tends to be feasible. But further, this not working status has a good welfare. The study recommends collaboration between agencies and regional program synergies in suppressing the 14.36% inadequate categories and to achieving the 100% target of safe and proper sanitation. Recommendations for the policy formulation and intervention options are aimed at predisposing factors (household characteristics) that havea significant influence and supporting factors (facilities and services), to produce comprehensive results."

"Kelimpahan relatif dan rasio Firmicutes/Bacteroidetes mikrobiota usus dipengaruhi oleh asupan makan dan mempengaruhi kesehatan anak dan dewasa. Namun, penelitian pada ibu hamil di daerah urban masih terbatas dan hasil yang dihubungkan dengan pola makan masih berbeda-beda, terutama di negara berpenghasilan rendah-menengah. Penelitian ini menilai hubungan antara pola makan dengan kelimpahan relatif mikrobiota usus (filum dan genus) dan rasio Firmicutes/Bacteroidetes. Penelitian ini merupakan studi potong lintang yang dilakukan di Puskesmas di empat kota di Jakarta (Pusat, Tengah, Barat dan Utara) merekrut 90 ibu hamil yang datang pada kunjungan Ante Natal Care (ANC). Data asupan makan ibu dengan menggunakan semi quantitative food frequency questioner (SQ-FFQ) diambil oleh enumerator yang sudah ditraining. Data asupan makan dianalisis menggunakan principal component anlysis (PCA) yang akan membentuk pola makan. Sampel feses diambil dan dianalisis dengan Next Generation Sequencing (NGS) 16S rRNA untuk mendapatkan hasil kelimpahan relatif mikrobiota usus . Terbentuk 4 pola makan yaitu pola makan tinggi sumber protein, pola makan tinggi sumber susu dan produk susu, pola makan tinggi sumber karbohidrat dan serat serta pola makan tinggi sumber buah-buahan. Dua filum terbesar yaitu (Firmicutes dan Bacteroidetes) dan 3 genus terbanyak yaitu Prevotella, Faecalibacterium dan Blautia dengan rerata kelimpahan relatif berurutan 69,5%, 12,6%, 5,98%, 8,59% dan 6,59%. Pola makan tinggi karbohidrat dan serat, namun tidak dengan pola makan lain, memiliki nilai p signifikan dengan kelimpahan relatif Faecalibacterium setelah disesuaikan dengan Pendidikan dan suku pada analisis multivariat (β 1,01, CI 95% 0,27-1,73 dan p=0,008). Kesimpulannya, setiap kenaikan pola makan tinggi sumber karbohidrat dan serat dapat menaikkan kelimpahan relatif dari Faecalibacterium sebesar 1,01%. Edukasi tentang pemilihan pola makan yang sehat dan baik untuk serta asupan karbohidrat dan serat yang bervariasi sangat penting dilakukan.

---

Relative abundance influenced by diet and affect children and adults’ health. However, evidence among urban pregnant women is limited and results on the link of this outcome with dietary pattern is conflicting especially in low-middle income nations. We assessed the relationship between maternal dietary pattern and the relative abundance of gut microbiota and Firmicutes/Bacteroidetes ratio. A cross-sectional study was conducted in primary health care in four districts in Jakarta (Central, East, West and North areas) recruiting 90 pregnant women during their ante natal care visits. Maternal food intake was assessed using a semi-quantitative food frequency questionnaire by trained enumerators and analyzed using principal component analysis to form a dietary pattern. Fecal samples were collected and analyzed with the Next Generation Sequencing (NGS) 16S rRNA to obtain the relative abundance of gut microbiota results. Four eating patterns were formed, namely a high protein sources diet, a high milk and dairy products sources diet, a high carbohydrates and fiber sources diet and a high fruit sources diet. Two largest phyla (Firmicutes and Bacteroidetes) and three largest genera (Prevotella, Faecalibacterium and Blautia) were identified with an average relative abundance value of 69.5%, 12.6%, 5.98%, 8.59% and 6.59%, respectively. High carbohydrate and fiber sources diet, not the other patterns, had a significant value with Faecalibacterium abundance after adjusting for education and ethnicity in multivariate model (β 1.01, CI 95% 0.27- 1.73 and p=0.008). In conlussion, increase high carbohydrate and fiber source diet could increase the relative abundance of Faecalibacterium by 1.01%. Education to choose healthy diet and variety carbohydrate and fiber sources will be needed."

"Latar Belakang: Bakteri resistan multiobat (MDR) dapat dibawa oleh pasien yang baru masuk perawatan inap dan menjadi sumber penyebaran di rumah sakit hingga menyebabkan. Namun, pemeriksaan deteksi bakteri MDR pada awal perawatan belum menjadi standar. Oleh karena itu, dilakukan pengembangan media cair selektif yang digunakan dalam kultur bakteri untuk mengetahui prevalensi kolonisasi bakteri MDR pada pasien saat admisi rawat inap di Rumah Sakit Umum Pusat Nasional dr. Cipto Mangunkusumo (RSCM).Metode: Untuk mengembangkan media cair selektif, dilakukan uji stabilitas cakram carbapenem. Cakram carbapenem yang paling stabil digunakan untuk suplementasi media cair untuk bakteri batang Gram negatif resistan carbapenem (CR-GNB). Media cair selektif yang digunakan adalah tryptic soy broth (TSB) yang ditambahkan cakram antibiotik yang sesuai dengan bakteri resistan yang akan diperiksa. Media kemudian menjalani uji limit deteksi dan uji spesifisitas. Saat admisi rawat inap, subjek menjalani pengambilan spesimen dan pengisian kuesioner. Spesimen skrining yang digunakan adalah swab tenggorok, swab pusar, swab rektal, swab nasal, dan swab ketiak.Hasil Penelitian: Berdasarkan hasil uji stabilitas, cakram imipenem adalah yang paling stabil. Media cair selektif yang digunakan untuk CR-GNB, Enterobacterales penghasil beta-lactamase spektrum luas (ESBL-PE), dan Staphylococcus aureus resistan methicillin (MRSA) adalah TSB dengan vancomycin-imipenem (limit deteksi < 1,5×10-1 CFU/mL), vancomycin-cefotaxime (limit deteksi < 1,5×10-1 CFU/mL), dan cefoxitin (limit deteksi 1,5×100 CFU/mL), berurutan. Dari 100 pasien yang diikutsertakan dalam penelitian, prevalensi kolonisasi bakteri MDR saat admisi rawat inap adalah 63%. Faktor yang berhubungan dengan kolonisasi bakteri MDR adalah riwayat penggunaan alat medis invasif dan komorbiditas, sedangkan faktor yang berhubungan dengan kolonisasi CR-GNB adalah riwayat penggunaan antibiotik.Kesimpulan: Prevalensi kolonisasi bakteri MDR pada pasien saat admisi rawat inap di RSCM tahun 2022 adalah 63% yang berhubungan dengan riwayat penggunaan alat medis invasif dan komorbiditas.

---

Background: Multidrug-resistant (MDR) bacteria could be carried by newly admitted patients and become a source of spread in the hospital amd causing infections. However, the detection of MDR bacteria on admission has not been a standard. Therefore, we developed selective liquid media to culture MDR bacteria to get the prevalence of MDR bacteria colonization in patients on admission in Dr. Cipto Mangunkusumo Hospital.

Method: To develop selective liquid media, we performed carbapenem disc stability testing. The most stable carbapenem disc was used to supplement the liquid media in detecting carbapenem-resistant Gram-negative bacilli (CR-GNB). Selective liquid media used for the detection was tryptic soy broth (TSB) with added antibiotics based on the target bacteria. We performed a limit detection test and specificity test on the developed media. While admitted to the hospital, we took samples from subjects and interviewed them to fill out a questionnaire. The specimens used for this study were throat swabs, navel swabs, rectal swabs, nasal swabs, and armpit swabs.

Results: Based on the stability test, imipenem disc was the most stable. Selective media used for CR-GNB, extended-spectrum beta-lactamase-producing Enterobacterales (ESBL-PE), and methicillin-resistant Staphylococcus aureus (MRSA) were TSB with vancomycin-imipenem (detection limit < 1,5×10-1 CFU/mL), vancomycin-cefotaxime (detection limit < 1,5×10-1 CFU/mL), dan cefoxitin (detection limit 1,5×100 CFU/mL), respectively. Of 100 patients included in the study,the prevalence of MDR bacteria colonization on admission was 63%. Factors associated with MDR bacteria colonization were the recent use of invasive medical devices and comorbidity, while a factor associated with CR-GNB colonization was the recent use of antibiotics.

Conclusion: Prevalence of MDR bacteria colonization in patients on admission in Dr. Cipto Mangunkusumo Hospital in 2022 was 63% and was associated with the recent use of invasive medical devices and comorbidity."

"Latar Belakang : Siprofloksasin adalah salah satu antibiotik yang paling banyak digunakan untuk mengobati ISK yang paling sering disebabkan oleh Escherichia coli. Nilai konsentrasi hambat minimum (KHM)/ minimal inhibitory concentration (MIC) digunakan sebagai uji kepekaan kuantitatif yang rutin dilakukan di laboratorium mikrobiologi. Sehubungan dengan meningkatnya resistensi siprofloksasin pada pasien ISK, perlu dilakukan evaluasi batas ambang uji KHM/MIC sebagai dasar penentuan dosis siprofloksasin sesuai farmakokinetik dan farmakodinamiknya. Dilihat juga riwayat ISK berulang dan penggunaan antibiotika 3 bulan terakhir sebagai faktor risiko yang mempengaruhi terjadinya peningkatan nilai KHM/MIC.Metode : Studi potong lintang dengan eksperimental laboratorium dilakukan pada tahun 2019-2020. Isolasi uropatogen dilakukan pada 106 sampel urin pasien dengan diagnosis klinis ISK yang berobat ke Puskesmas dan RSUD di kota Tangerang Selatan, serta beberapa RS di Jakarta. Uji kepekaan dilakukan dengan melihat nilai KHM/MIC beberapa antibiotik untuk ISK. Selanjutnya dilakukan uji Mutant Prevention Concentration (MPC) siprofloksasin terhadap E. coli, dengan cara menilai konsentrasi siprofloksasin terendah yang mampu membunuh 1010 koloni E. coli yang ditumbuhkan pada agar Mueller-Hinton, yang diinkubasi pada suhu 370C sampai dengan 96 jam. Nilai MPC dibandingkan dengan peningkatan nilai KHM/MIC dan faktor risiko yang mempengaruhinya.Hasil : Hasil kultur urin ≥100.000 CFU/ml ditemukan pada 95 (89,6%) dari 106 pasien dewasa dengan diagnosis klinis ISK, yang terdiri dari 67,4% perempuan dan 32,6% laki-laki. E. coli merupakan penyebab terbanyak ISK yaitu 58,6%, dengan 36,2% isolat terdeteksi sebagai ESBL. Pola kepekaan siprofloksasin pada E. coli kurang dari 50%, dan lebih rendah lagi pada bakteri ESBL. Mutan E. coli ditemukan di semua isolat yang sensitif, terutama pada nilai KHM/MIC yang berada di batas ambang yang sensitif. Riwayat penggunaan antibiotik 3 bulan terakhir lebih tinggi risikonya dibandingkan riwayat ISK berulang untuk peningkatan nilai KHM/MIC pada mutan E. coli resisten siprofloksasin.Kesimpulan : Penggunaan siprofloksasin untuk pengobatan ISK harus digunakan secara bijak. Nilai batas ambang sensitif KHM/MIC perlu diturunkan untuk mencegah kegagalan terapi disebabkan keberadaan mutan E. coli resisten siprofloksasin. Riwayat penggunaan antibiotik 3 bulan terakhir dan ISK berulang berisiko untuk peningkatan nilai KHM/MIC pada mutan E. coli resisten siprofloksasin

---

Background : Ciprofloxacin is one of the most widely used antibiotics to treat the UTIs commonly caused by Escherichia coli. Minimum inhibitory concentration (MIC) value is used as a quantitative susceptibility test, routinely carried out in the microbiology laboratory. Due to the increasing resistance of ciprofloxacin in UTI patients, it is necessary to evaluate the MIC threshold as a basis for determining the dose of ciprofloxacin accordingly to pharmacokinetics and pharmacodynamics. Assessment of recurrent UTI and antibiotic used in the last 3 months is also conducted as risk factors affecting the increase of MIC value.

Methods : A cross-sectional study and laboratory experiments were conducted in 2019-2020. Isolation of uropathogen was conducted on 106 urine samples from patients with a clinical diagnosis of UTI who went to the community health centre and regional hospital in South Tangerang, as well as several hospitals in Jakarta. Susceptibility testing was performed to detect the MIC value of several antibiotics for UTIs. After that, the Mutant Prevention Concentration (MPC) test of ciprofloxacin was carried out against E. coli, by assessing the lowest ciprofloxacin concentration which was able to kill 1010 E. coli colonies grown on Mueller-Hinton agar, incubated at 370C for up to 96 hours. The MPC value is compared with the increasing MIC value and the risk factors that influence it.

Results : Urine culture results of ≥100,000 CFU/ ml were found in 95 (89.6%) of 106 adult patients with a clinical diagnosis of UTI, consisting of 67.4% female and 32.6% male. E. coli was the most common cause of UTI, i.e. 58.6%, including 36.2% of the isolates detected as ESBL. The sensitivity pattern of ciprofloxacin against E. coli was less than 50%, and lower in ESBL bacteria. E. coli mutants were found in all sensitive isolates, especially in isolates with MIC value on the sensitivity threshold. Antibiotics used in the last 3 months had a higher risk than recurrent UTIs for increasing MIC values in E. coli mutants resistant to ciprofloxacin.

Conclusion : The use of ciprofloxacin for the treatment of UTIs must be used wisely. The sensitivity threshold of MIC value should be reduced to prevent treatment failure due to the presence of E. coli mutants resistant to ciprofloxacin. Antibiotics used for the last 3 months and recurrent UTIs are at risk for increasing of MIC values in E. coli mutants resistant to ciprofloxacin."

"Kusta merupakan penyakit infeksi kronik yang disebabkan oleh Mycobacterium leprae. Penyakit ini masih menjadi masalah kesehatan di dunia. Munculnya bakteri M.leprae yang resisten terhadap antibiotik semakin menyulitkan terapi. Diperlukan pemeriksaan untuk mendeteksi bakteri resisten agar penatalaksanaan penyakit kusta menjadi lebih baik. Penelitian ini bertujuan untuk mendapatkan uji genotipik untuk mengetahui resistensi M.leprae terhadap dapson, rifampisin, dan ofloksasin. Real time PCR dilakukan sebagai persyaratan analisis uji genotipik. Primer nested PCR dan sekuensing dirancang dengan Primer Designer software. Kondisi reaksi PCR yang dioptimasi yaitu suhu penempelan primer, volume cetakan DNA, dan jumlah siklus amplifikasi. Hasil optimasi kemudian diterapkan pada spesimen kerokan jaringan kulit. Uji genotipik yang dikembangkan di penelitian ini dapat diterapkan pada spesimen kerokan jaringan kulit dengan nilai Ct real time PCR kurang dari 30. Suhu penempelan primer, volume cetakan DNA, dan jumlah siklus amplifikasi yang optimal yaitu 56 C PCR I dan II , 15 l cetakan DNA dalam volume reaksi 50 l PCR I dan 2 l cetakan DNA dalam volume reaksi 40 l PCR II , dan jumlah siklus amplifikasi PCR 40 PCR I dan 35 PCR II . Uji yang dioptimasi dapat menunjukkan genotipik 17 M.leprae dengan hasil 100 sensitif terhadap dapson dan rifampisin dan 5,9 resisten ofloksasin. PCR-direct sequencing pada penelitian ini dapat digunakan untuk mendeteksi resisten obat kusta dapson, rifampisin, dan ofloksasin.

---

Leprosy is a chronic infectious disease caused by Mycobacterium leprae and considered as health problem. Treatment of leprosy tends to complicated because of emergences of resistant M. leprae strains. Therefore, it is essential to have a test that can detect drug resistance M.leprae for better management of this disease. The aim of this study is to obtain a genotyping assay for detection of M.leprae resistant to dapsone, rifampicin, and ofloxacin. Real time PCR was performed for specimen requirement for genotyping analysis. Primers for nested PCR and DNA sequencing were designed by Primer Designer software and reaction condition of PCR was optimized including annealing temperature of primers, volume of DNA template, and number of thermal cycle.

The optimized nested PCR and DNA sequencing were applied for skin scrapings specimen. Genotyping assay developed in this study was applicable for skin scrap samples with real time PCR result of Ct less than 30. The optimal annealing temperature of primers, volume of DNA template, and number of thermal cycle were 56 C PCR I and II , 15 l DNA template in 50 l reaction PCR I and 2 l DNA template of 40 l reaction PCR II , and 40 PCR I and 35 PCR II thermal cycles, respectively. The optimized assay could genotype 17 M.leprae strains with 100 sensitive for dapsone and rifampicin and 5,9 resistant for ofloxacin. PCR direct sequencing in this study can be used to detect leprosy drug resistance dapsone, rifampicin, dan ofloxacin."

"Insiden tuberkulosis (TB) di Indonesia merupakan salah satu yang tertinggi di dunia. Penegakan diagnosis secara tepat merupakan salah satu upaya untuk mengendalikan TB. Modalitas uji diagnostik laboratorium TB yang tersedia yaitu pemeriksaan mikroskopis Basil Tahan Asam (BTA) dan pemeriksaan biakan memiliki beberapa keterbatasan. Secara global, terjadi peningkatan dalam penggunaan Tes Cepat Molekuler (TCM) sebagai uji diagnostik laboratorium TB. Salah satu TCM yang telah direkomendasikan oleh World Health Organization (WHO) yaitu loop-mediated isothermal amplification (LAMP). Oleh karena itu, perlu dilakukan penelitian untuk mengevaluasi metode LAMP, sehingga metode tersebut dapat diterapkan secara rutin di Indonesia. Penelitian dilaksanakan di Laboratorium Mikrobiologi Klinik Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia (LMK-FKUI) terhadap 100 orang pasien terduga TB paru. Setiap pasien menyerahkan dua sputum langsung, yaitu sputum sewaktu dan sputum pagi/sewaktu. Terhadap setiap sputum langsung kemudian dilakukan pemeriksaan mikroskopis BTA. Dua sediaan sputum langsung dari setiap pasien kemudian digabung untuk menghasilkan mixed sputum. Terhadap setiap mixed sputum dilakukan pemeriksaan mikroskopis BTA, biakan Lowenstein-Jensen (LJ) dan pemeriksaan TB-LAMP. Biakan yang tumbuh diidentifikasi menggunakan tes MPT64. Hasil penelitian menunjukkan nilai kapa (κ) pemeriksaan mikroskopis BTA antara sputum langsung dan mixed sputum sebesar 0,88; p < 0,001 (95% CI 0,78-0,97). Persentase hasil LAMP (+) pada sputum langsung dengan hasil BTA (-) sebesar 28,07%, sedangkan persentase hasil LAMP (+) pada mixed sputum dengan hasil BTA (-) sebesar 32,78%. Metode TB-LAMP memiliki nilai sensitivitas sebesar 100% (95% CI 89,56-100%) dan spesifisitas sebesar 69,64% (95% CI 55,74-80,84%). Nilai duga positif TB-LAMP sebesar 71,19% (95% CI 57,73-81,86%), sedangkan nilai duga negatif TB-LAMP sebesar 100% (95% CI 88,83-100%). Pada hasil mikroskopis BTA yang sesuai (concordant) dengan biakan TB, nilai sensitivitas dan spesifisitas TB-LAMP berturut-turut sebesar 100% (95% CI 89,09-100%) dan 73,58% (95% CI 59,42-84,32). Adapun nilai sensitivitas TB-LAMP pada hasil mikroskopis BTA yang tidak sesuai (discordant) dengan biakan TB, yaitu sebesar 100% (95% CI 19,79-100%). Metode TB-LAMP memiliki nilai sensitivitas dan nilai duga negatif yang tinggi. Untuk menegakkan diagnosis TB paru secara tepat, metode TB-LAMP harus dikombinasikan dengan gejala dan tanda yang terdapat pada pasien.

---

The incidence of tuberculosis (TB) in Indonesia is one of the highest in the world. Appropriate diagnosis is an effort to control TB. Existing TB laboratory diagnostic test modalities, which are Acid-Fast Bacilli (AFB) smear and culture examination have several limitations. Globally, there has been an increase in the use of the molecular rapid test as a TB laboratory diagnostic test. One of the molecular rapid tests recommended by the World Health Organization (WHO) is loop-mediated isothermal amplification (LAMP). Therefore, research is needed to evaluate the LAMP method, so that the method can be applied routinely in Indonesia. The study was conducted at the Clinical Microbiology Laboratory of the Faculty of Medicine, Universitas Indonesia for 100 patients suspected of pulmonary TB. Each patient handed over two direct sputums, which are the spot sputum and morning/spot sputum. Against each direct sputum, an AFB smear was carried out. Two direct sputum preparations from each patient were then combined to produce mixed sputum. For each mixed sputum, AFB smear, Lowenstein-Jensen (LJ) culture and TB-LAMP examination were carried out. Cultures that were grown were identified using MPT64 tests. The results of the study showed that the kappa (κ) value of AFB smear between direct sputum and mixed sputum was 0.88; p < 0.001 (95% CI 0.78-0.97). The percentage of LAMP (+) in direct sputum with AFB (-) was 28.07%, while the percentage of LAMP (+) in mixed sputum with AFB (-) was 32.78%. The TB-LAMP method had a sensitivity value of 100% (95% CI 89.56-100%) and a specificity of 69.64% (95% CI 55.74-80.84%). Positive predictive value of TB-LAMP was 71.19% (95% CI 57.73-81.86%), while the negative predictive value of TB-LAMP was 100% (95% CI 88.83-100%). In concordant AFB smear results with TB culture, the TB-LAMP sensitivity and specificity values were 100% (95% CI 89.09-100%) and 73.58% (95% CI 59.42-84,32), respectively. The sensitivity value of TB-LAMP on AFB smear results which were discordant with TB culture was 100% (95% CI 19.79-100%). The TB-LAMP method had a high sensitivity value and negative predictive value. To properly diagnose pulmonary TB, the TB-LAMP method must be combined with the symptoms and signs that the patient has."

"Latar belakang: Infeksi C. diphtheriae toksigenik memerlukan penanganan segera karena dapat mengancam nyawa. Pemeriksaan kultur sebagai uji baku emas hanya dapat dilakukan di laboratorium rujukan dan memakan waktu lama. Pemeriksaan awal yang dapat dilakukan adalah menggunakan teknik pewarnaan. Pewarnaan khusus difteri seperti Albert atau Neisser dapat menggambarkan granul metakromatik yang spesifik terhadap Corynebacterium sp., namun laboratorium yang mampu mengerjakannya sangat terbatas. Oleh karena itu, berbagai laboratorium menggunakan teknik pewarnaan Gram sebagai alternatif untuk menunjang diagnosis dini difteri.Tujuan: Evaluasi pemeriksaan mikroskopik langsung yang rutin dilakukan pada spesimen swab tenggorok untuk menunjang diagnosis dini difteri.Metode: Uji diagnostik dengan desain potong lintang. Pemeriksaan mikroskopik Gram dan pewarnaan khusus Albert serta Neisser dibandingkan dengan kultur sebagai baku emas untuk mendapatkan nilai sensitivitas, spesifisitas, nilai duga positif, nilai duga negatif, dan akurasi. Uji kesesuaian antara kedua teknik pewarnaan dan PCR dinilai menggunakan koefisien Kappa. Analisis multivariat dilakukan pada variabel independen data faktor risiko dan gambaran klinis. Nilai probabilitas yang dihasilkan dimasukkan ke dalam kurva Receiver Operating Characteristic (ROC). Pertambahan luas Area Under Curve (AUC) dinilai setelah menambahkan pemeriksaan mikroskopik ke dalam model.Hasil: Pewarnaan khusus difteri dan Gram memiliki sensitivitas 70% dan 20%, spesifisitas 83,72% dan 79,06%, nilai duga positif 33,33% dan 10%, nilai duga negatif 96% dan 89,47% serta akurasi 82,29% dan 72,92%. Kesesuaian minimal antara kedua metode pewarnaan (reliabilitas 4-15%). Pewarnaan khusus difteri memiliki kesesuaian yang lebih baik dengan uji PCR,dibandingkan dengan pewarnaan Gram. Pewarnaan khusus difteri menunjukan penambahan nilai diagnostik sebesar 3,8% pada model faktor risiko dan gambaran klinis yang bermakna untuk menunjang diagnosis dini difteri.Kesimpulan: Pewarnaan khusus difteri pada spesimen klinis langsung untuk diagnosis dini difteri tidak dapat digantikan dengan pewarnaan Gram. .....Background: Infection caused by toxigenic C. diphtheriae requires immediate treatment because it can be life threatening. Culture examination as gold standard can only be done in a reference laboratory and is time-consuming. The initial examination can be performed using the staining technique. Diphtheria special staining such as Albert or Neisser can characterize metachromatic granules that are specific to Corynebacterium sp., but the availability of these stains in many laboratories are limited. Therefore most laboratories use Gram staining technique as an alternative to support early diagnosis of diphtheria.Objective: Evaluation of the direct microscopic examination commonly used on throat swab specimens to support the early diagnosis of diphtheria.Methods: Diagnostic test with a cross-sectional design. Gram microscopic examination and special staining of Albert and Neisser were compared with culture examination as the gold standard to obtain sensitivity, specificity, positive predictive value, negative predictive value, and accuracy. The realibility test between the two staining and PCR techniques was assessed using the Kappa coefficient. Multivariate analysis was performed on the independent variables of risk factors and clinical features data. The resulting probability value was entered into the Receiver Operating Characteristic (ROC) curve. The improvement of the area under the curve (AUC) was assessed after microscopic examination was added on the model.Results: Diphtheria and Gram staining had a sensitivity of 70% and 20%, specificity 83.72% and 79.06%, positive predictive value 33.33% and 10%, negative predictive value 96% and 89.47% and accuracy 82.29 % and 72.92%. Minimal concordance was found between the two staining methods (4-15%). Diphtheria-specific staining have better realibility result, compared to the PCR test, than Gram staining. Diphtheria special staining showed an additional 3.8% diagnostic value, in the significant of risk factors and clinical features model, to support the early diagnosis of diphtheria.Conclusion: Diphtheria special staining directly on clinical specimens for early diagnosis of diphtheria cannot be replaced by Gram staining."

"Latar Belakang. Penyakit COVID-19 yang disebabkan oleh SARS-CoV-2 dengan cepat menyebar dan menjadi Pandemi serta menimbukan kerugian yang sangat besar pada masyarakat di seluruh dunia. Deteksi virus yang cepat dan akurat memegang peranan penting untuk mengendalikan penyebaran di masyarakat dan membantu pasien untuk menghindari perkembangan penyakit lebih lanjut. Saat ini real-time Reverse Transcriptase Polymerase Chain Reaction (real-time RT-PCR) merupakan reference standard diagnostic test dalam mendeteksi SARS-CoV-2 di seluruh dunia. Real-time Reverse Transcriptase Loop Mediated Isothermal Amplification (RT-LAMP) merupakan metode amplifikasi asam nukleat isotermal yang memiliki sensitivitas dan spesifisitas tinggi dan waktu pengerjaan yang jauh lebih cepat dibandingkan real-time RT-PCR. Tujuan. Penelitian bertujuan untukiDetectTM SARS-CoV-2 Detection KitSARS-CoV-2.Metode. Penelitian ini merupakan uji kesesuaian dengan studi potong lintang dan menggunakan metode pengumpulan sampel secara consecutive sampling. Subjek penelitian yaitu spesimen swab nasofaring dan orofaring dalam VTM (N=80) yang dianalisis di Laboratorium Mikrobiologi Klinik Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia. iDetectTM SARS-CoV-2 Detection Kit menggunakan uji kesesuaian Kappa aplikasi SPSS versi 25.Hasil. Dari 72 sampel valid yang diperiksa dengan real-time RT-LAMP iDetectTM SARS- CoV-2 Detection Kit dan real-time RT-PCR, 24 sampel terdeteksi positif oleh real-time RT-PCR dan hanya tiga sampel yang terdeteksi positif oleh real-time RT-LAMP. Tiga sampel yang terdeteksi positif oleh real-time RT-LAMP termasuk ke dalam sampel - sampel yang terdeteksi positif oleh real-time RT-PCR. Secara statistik, uji reliabilitas / uji kesesuaian dari penelitian kedua alat diagnostik ini menunjukkan nilai Kappa yang sangat rendah, yaitu 0,16. Uji kesesuaian Kappa kedua alat ini menunjukkan bahwa hasil pemeriksaan alat real-time RT-LAMP iDetectTM SARS-CoV-2 Detection Kit tidak sesuai dengan alat real-time RT-PCR dalam mendeteksi SARS-CoV-2. Kesimpulan. Real-time RT-LAMP iDetectTM SARS-CoV-2 Detection Kit tidak sesuai dengan alat real-time RT-PCR dan tidak dapat digunakan sebagai alat diagnostik dalam mendeteksi SARS-CoV-2.

---

Introduction. COVID-19 caused by SARS-CoV-2 quickly spread and became Global Pandemic and caused enormous losses to people around the world. Rapid and accurate virus detection plays an important role in controlling spread in the community and helping patients to avoid further disease progression. Currently, real-time Reverse Transcriptase Polymerase Chain Reaction (real-time RT-PCR) is determined as the reference standard diagnostic test for detecting SARS-CoV-2 worldwide. Real-time Reverse Transcriptase Loop Mediated Isothermal Amplification (RT-LAMP) is an isothermal nucleic acid amplification method that has high sensitivity and specificity and provide faster result than real-time RT-PCR. Aim. The research aims to compare real-time RT-LAMP iDetectTM SARS-CoV-2 Detection Kit and real-time RT-PCR in detecting SARS-CoV-2. Method. This research is a comparison test with a cross-sectional study and uses a consecutive sampling method to collect samples. The research subjects were nasopharyngeal and oropharynx swab specimens in VTM (N=80) which were analyzed at the Clinical Microbiology Laboratory, Faculty of Medicine, Universitas Indonesia. The data obtained from the real-time RT-LAMP iDetectTM SARS-CoV-2 Detection Kit and real-time RT-PCR test results were analyzed using Kappa test SPSS version 25.

Results. Of the 72 valid samples examined by the real-time RT-LAMP iDetectTM SARS- CoV-2 Detection Kit and real-time RT-PCR, 24 samples were detected positive by real- time RT-PCR and only three samples were detected positive by real-time RT-LAMP. Three samples that were detected positive by the real-time RT-LAMP were included in the samples that were detected positive by the real-time RT-PCR. Statistically, the comparison test of the research of these two diagnostic tools showed a very low Kappa value, which was 0.16. The Kappa suitability test of these two tools showed that the real- time RT-LAMP iDetectTM SARS-CoV-2 Detection Kit were not compatible with the real- time RT-PCR in detecting SARS-CoV-2. Summary. Real-time RT-LAMP iDetectTM SARS-CoV-2 Detection Kit is not compatible with real-time RT-PCR and cannot be used as a diagnostic tool in detecting SARS-CoV-2."

"Latar Belakang: Bakteri Gram negatif resistan multi obat (MDR-GNB) merupakan bakteri yang mendominasi di ICU, baik sebagai kolonisasi maupun penyebab infeksi, yang dapat meningkatkan morbiditas dan mortalitas pasien. Pembawa bakteri MDR-GNB merupakan sumber penularan dalam transmisi bakteri resistan tersebut di rumah sakit yang mana pasien terkolonisasi bisa berkembang menjadi infeksi, dan data mengenai faktor risiko pembawa bakteri MDR-GNB masih terbatas di Indonesia. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui prevalensi dan faktor risiko yang berhubungan dengan terjadinya kolonisasi MDR-GNB untuk mengoptimalkan strategi skrining saat awal masuk ICU, serta mendapatkan data fenotipik dan genotipik dari bakteri resistan tersebut. Metode: Penelitian ini merupakan studi observasional analitik dengan desain studi potong lintang. Subjek penelitian yang sesuai dengan kriteria inklusi diambil secara konsekutif pada pasien awal masuk ICU RSUPN Dr. Cipto Mangunkusumo dalam periode Januari-Desember 2022 sampai memenuhi total besar sampel minimal. Sampel skrining menggunakan swab rektal. Data sosiodemografi, klinis dan hasil pemeriksaan mikrobiologi dikumpulkan dan diolah menggunakan analisis multivariat. Hasil Penelitian: Hasil studi dari 108 subjek penelitian didapatkan 172 kultur yang terdiri dari 165 isolat Gram negatif, 4 ragi, dan 3 tidak didapatkan pertumbuhan. Prevalensi pasien terkolonisasi bakteri MDR-GNB 51,85% (56/108), dan prevalensi isolat bakteri MDR-GNB 39,53% (68/172) dengan bakteri MDR-GNB terbanyak adalah E. coli 29,65% dan K. pneumoniae 19,44%. Gen resistan terbanyak yang ditemukan dari ESBL adalah CTX-M 75% dan dari gen resisten penghasil karbapenemase adalah NDM 5,88%. Faktor risiko yang berhubungan dengan terjadinya kolonisasi bakteri MDR-GNB adalah lama rawat sebelum masuk ICU (p=0,003) dan riwayat terapi antibiotik sebelumnya (p=0,036). Kesimpulan: Pada hasil penelitian ini didapatkan dua faktor risiko yang berhubungan dengan terjadinya kolonisasi bakteri MDR-GNB adalah lama rawat sebelum masuk ICU (p=0,003) dan riwayat terapi antibiotik sebelumnya (p=0,036). Kesimpulan: Pada hasil penelitian ini didapatkan dua faktor risiko yang berhubungan dengan terjadinya kolonisasi bakteri MDR-GNB, dengan prevalensi kejadian terkolonisasi bakteri MDR-GNB pada pasien awal masuk ICU masih cukup tinggi. Oleh karena itu, pemilihan pasien skrining berdasarkan faktor risiko pada saat awal masuk ICU sangat penting dalam rangka program pengendalian infeksi untuk mencegah transmisi bakteri resistan tersebut.

---

Background: Multidrug-resistant Gram-negative bacteria (MDR-GNB) are microorganisms that dominate in the ICU setting, both as colonization and as causes of infection, which can increase patient morbidity and mortality. Carriers of MDR-GNB bacteria are a source of infection in the transmission of resistant bacteria in hospitals where colonized patients can develop infections, and the data regarding risk factors for carriers of MDR-GNB bacteria is still limited in Indonesia. This study aims to determine the prevalence and risk factors associated with MDR-GNB colonization to optimize screening strategies upon initial ICU admission, as well as obtain phenotypic and genotypic data on these resistant bacteria. Method: This research is an analytical observational study with a cross-sectional study design. Research subjects who met the inclusion criteria were taken consecutively from patient admitted to the ICU at Dr. Cipto Mangunkusumo Hospital in the period January-December 2022 until the minimum total sample size is reached. The screening sample is a rectal swab. Sociodemographic, clinical data, and microbiological examination results were collected and processed using multivariate analysis. Results: The results of the study from 108 research subjects showed that there were 172 cultures consisting of 165 Gram negative isolates, 4 yeasts, and 3 showed no growth. The prevalence of patients colonized with MDR-GNB bacteria was 51,85% (56/108), and the prevalence of MDR-GNB bacterial isolates was 39,53% (68/172) with the most common MDR-GNB bacteria were E. coli 29,65% and K. pneumoniae 19,44%. The most resistance gene found from ESBL was CTX-M 75% and from carbapenemase producer gene was NDM 5,88%. Risk factors associated with MDR-GNB bacterial colonization were length of stay before admission to the ICU (p=0,003) and history of previous antibiotic therapy (p=0,036). Conclusion: In the results of this study, two risk factors were found that were associated with the occurrence of MDR-GNB bacterial colonization, with the prevalence of MDR-GNB bacterial colonization in patients initially admitted to the ICU still quite high. Therefore, selecting screening patients based on risk factors at the time of initial admission to the ICU is very important in the context of infection control programs to prevent the transmission of resistant bacteria."