Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"SARS-CoV-2 merupakan penyebab COVID-19 yang melanda dunia sejak akhir 2019. Virus ini telah menyebar secara luas di dunia akibat infektifitasnya yang tinggi. Sampai saat ini, telah muncul banyak lineage dengan karakter yang berbeda, dan beberapa diantaranya memiliki infektifitas lebih tinggi dibandingkan lineage lainnya. Perubahan nukleotida akibat mutasi menjadi penyebab munculnya lineage baru Dalam penelitian ini, telah dilakukan analisa untaian gen SARS-CoV-2 yang berasal dari beberapa lineage berbeda, yang dilanjutkan dengan analisa epitop sel B, dan sel T. Setelahnya, dilakukan desain vaksin menggunakan epitop terbaik dan dihubungkan dengan linker yang berupa asam gabungan asam amino, yang kemudian dilanjutkan dengan analisa fisikokimia dan alergenisitas kandidat vaksin. Setelahnya, kandidat vaksin dilanjutkan ke tahap simulasi molecular docking. Berdasarkan hasil yang diperoleh dari penelitian ini, terdapat 2 epitop 9-mer HLA kelas I dan 7 epitop 15-mer HLA kelas II yang dapat digunakan untuk mencakup seluruh untaian yang terpilih. Vaksin kandidat yang terpilih disusun dengan menggunakan linker tertentu dan epitop yang telah diperoleh sebelumnya. Dari simulasi molecular docking yang telah dilakukan dari vaksin kandidat terhadap 3 reseptor antigenik, diperoleh hasil simulasi berupa energi center kompleks sebesar -1161,4 kkal/mol (TLR-3), -1034,1 kkal/mol (HLA-C*14:02), -1064,3 kkal/mol (HLA-DRB1*07:01).

---

SARS-CoV-2 is the cause of COVID-19 that has hit the world since late 2019. The virus has spread widely in the world due to its high infectivity. To date, many lineages have emerged with different characters, and some of them have higher infectivity than other lineages. Nucleotide changes due to mutations are the cause of the emergence of new lineages In this study, the SARS-CoV-2 gene strands from several different lineages were analysed, followed by epitope analysis of B cells and T cells. After that, vaccine design was carried out using the best epitopes and connected with a linker in the form of an amino acid combination, followed by physicochemical and allergenicity analysis of vaccine candidates. After that, the vaccine candidate is continued to the molecular docking simulation stage. Based on the results obtained from this study, there are 2 9-mer HLA class I epitopes and 7 15-mer HLA class II epitopes that can be used to cover all selected strands. The selected candidate vaccines were prepared using specific linkers and previously obtained epitopes. From the molecular docking simulation of the candidate vaccines against 3 antigenic receptors, the simulation results showed the centre complex energy of -1161.4 kcal/mol (TLR-3), -1034.1 kcal/mol (HLA-C*14:02), -1064.3 kcal/mol (HLA-DRB1*07:01)."

"Antigen D pada donor darah wajib diketahui karena memiliki imunogenitas tinggi, bila terpapar pada individu Rhesus negatif dapat terbentuk aloantibodi kemudian misalnya pada wanita hamil menyebabkan Hemolytic Disease of Newborn (HDN). Di Indonesia sudah dapat mendeteksi weak D dengan dengan indirect antiglobulin test. Varian Rhesus DEL (D-eluate) terdeteksi dengan metode adsorpsi elusi dan metode Single Specific Primer-Polymerase Chain Reaction (SSP-PCR) sehingga dengan standar pemeriksaan di Indonesia belum terdeteksi dan terdata sebagai Rhesus negatif. Darah tersebut bila ditransfusikan ke pasien Rhesus negatif menimbulkan aloimunisasi pada pasien. Untuk itu penelitian ini bertujuan mengetahui adanya varian Rhesus DEL pada populasi Rhesus negatif Indonesia dengan metode adsorpsi elusi dan SSP-PCR. Metode penelitian ini deskripsi eksploratif untuk deteksi varian Rhesus DEL dengan metode adsorpsi elusi dan SSP-PCR terhadap 100 sampel dari populasi Rhesus negatif Indonesia. Hasil penelitian didapatkan varian Rhesus DEL pada 26 sampel dengan adsorpsi elusi dan 47 sampel dengan SSP-PCR. Uji diagnostik SSP-PCR sensitivitas 100%, spesifisitas 72%, nilai duga positif 55% dan nilai duga negatif 100%. Risiko etnis Cina 3 kali lebih tinggi dari etnis non-cina untuk memiliki varian Rhesus DEL. Kesimpulannya varian Rhesus DEL terdeteksi pada populasi Rhesus negatif Indonesia dan terdapat perbedaan kemampuan deteksi antara metode adsorpsi elusi dengan SSP-PCR.

---

D antigen in blood donors must be identified because it contains high immunogenicity, if exposed to Rhesus negative individuals, alloantibodies can be formed. For example, in pregnant women it can cause Hemolytic Disease of Newborn (HDN). In Indonesia, we have been able to detect weak D with the indirect antiglobulin test. Rhesus DEL (D-eluate) variant can be detected by elution adsorption method and Single Specific Primer – Polymerase Chain Reaction (SSP-PCR) method. Based on the current Indonesian detection standard, Rhesus DEL has not been detected and is recorded as Rhesus negative. If the blood is transfused into a Rhesus negative patient, it can cause alloimmunization in the patient. The purpose of this study was to determine the presence of Rhesus DEL variants in the Indonesian Rhesus negative population by elution adsorption and SSP-PCR methods. This research method is an exploratory description for the detection of Rhesus DEL variants by elution adsorption and SSP-PCR methods on 100 samples from the Indonesian Rhesus negative population. The results showed that the Rhesus DEL variant was found in 26 samples with elution adsorption and 47 samples with SSP-PCR. SSP-PCR diagnostic test sensitivity 100%, specificity 72%, positive predictive value 55% and negative predictive value 100%. The risk of ethnic Chinese is 3 times higher than that of non-Chinese for having the Rhesus DEL variant. In conclusion, the Rhesus DEL variant was detected in the Indonesian Rhesus negative population and there was a difference in detection ability between the elution adsorption method and SSP-PCR."

"

Pada Oktober 2019, Sumatera Utara kembali terpapar penyakit kolera babi (hog cholera atau classical swine fever) dan demam babi Afrika. Wabah penyakit ini telah menyebabkan kematian pada ternak babi hingga 29.223 ekor di 17 kabupaten/kota di Sumatera Utara. Sementara pada Februari 2020, Dinas Pertanian dan Ketahanan Pangan Provinsi Bali melaporkan sebanyak 1700 ekor babi milik warga mati disebabkan oleh penyakit ASF di 9 kabupaten/ kota. Penelitian ini dilakukan untuk merancang vaksin berbasis epitop secara in siliko untuk mencegah infeksi virus ASF dan CSF pada babi. Vaksin dibuat berbasis epitop dari protein virus karena sangat imunogenik dalam menginduksi produksi antibodi, dan juga merupakan target utama untuk netralisasi antibodi selama infeksi CSFV dan ASFV. Sekuens protein diunduh dari NCBI dan dianalisis secara komputasi. Prediksi afinitas ikatan dilakukan dengan menggunakan IEDB Tepitool dan prediksi epitop untuk CTL dilakukan dengan menggunakan IEDB NetCTLpan. Struktur protein target dapat diunduh dari Protein Database (PDB) maupun secara homology modelling dan struktur ligan peptida nonamer dirancang dengan menggunakan ChemBioDraw Ultra 14.0 untuk kemudian dipreparasi melalui proses optimasi geometri dan minimasi energi. Ikatan antara molekul SLA dan peptida epitope kemudian dianalisis dengan cara molecular docking pada situs asam amino tertentu dengan menggunakan software MOE 2014.09, untuk menghitung energi ikatan dan memverifikasi daerah interaksi epitop dengan reseptor protein.

---

On October 2019, Hog Cholera and African Swine Fever outbreak has struck North Sumatera. As many 29.223 pigs has been killed in 17 districts/ cities in North Sumatera. Meanwhile since February 2020, Bali Agriculture and Food Security Agency reported that over 1700 pigs were killed by ASF in 9 districts/ cities. This study aimed to design epitope-based peptide vaccine in order to prevent further infection of ASFV and CSFV. An epitope-based vaccine is potent in establishing a strong antibody due to its strong immunogenicity, and it is also the main target for inducing neutralizing antibodies during CSFV and ASFV infection. Sequences of ASFV and CSFV protein were collected from NCBI and analyzed through computational method. Peptides binding affinities were predicted using IEDB Tepitool and NetCTLpan was used to predict rhe CTL epitopes. The 3D structures of the protein were obtained either downloading from the Protein Database and homology modelling, and the nonamer peptide structures were drew by using ChemBioDraw Ultra 14.0 and then prepared through geometry optimization and energy minimization. The epitopes were further tested for binding against the SLA molecules using molecular docking technique at any amino acid residues to calculate its binding energy and verify the binding cleft epitope interactions.

"