""Konflik Otonomi Gereja di Minahasa (1915-1979)", yang dikaji dalam penulisan ini, difokuskan pada masalah; "Gereja dan politik". Gereja sebagai organisasi mempunyai pemimpin, dan dalam mekanisme kerjanya (walaupun hierarkis), seharusnya berorientasi pada keadilan bagi umatnya, termasuk kaum intelektual dalam konflik ini. Tetapi, kenyataannya gereja tidak mampu berlaku adil bagi umatnya, sehingga kaum intelektual menuntut otonomi gereja Protestan di Minahasa kepada Indische Kerk atau Gereja Protestan Indonesia.
Politik dalam konflik ini adalah wawasan kebangsaan dalam konteks pergerakan Indonesia dari kaum intelektual, yang mempengaruhi perjuangan mereka, sehingga mereka menolak campur tangan pemerintah kolonial dan Indische Kerk dalam usaha membentuk gereja otonom di Minahasa. Usaha itu dilakukan pertama kali oleh Lambertus Mangindaan, dan kemudian Joel Walintukan pada akhir abad ke-19, yang sifat perjuangannya perorangan. Perjuangan itu, kemudian diteruskan pada awal abad ke-20, dalam bentuk kelompok, yaitu kelompok kepala-kepala kampung di Minahasa pada tahun 1902, dan kelompok Majelis Gereja (kerkeraad) di Manado, sejak tahun 1911. Perjuangan mendirikan gereja otonom di Minahasa dengan menggunakan "organisasi" baru dilakukan guru-guru zending melalui pembentukan perserikatan "Pangkal Setia", pada bulan Mei 1915 di Tomohon Minahasa. Pada tahun 1920-an, terjadi penyatuan perjuangan antara guru-guru zending, majelis gereja, dan tokoh masyarakat dalam wadah organisasi Pangkal Setia. Bahkan pada tahun 1930-an, bergabunglah politisi nasional asal Minahasa, dalam perjuangan mewujudkan gereja otonom di Minahasa. Kelompok ini, dalam penulisan ini disebut "kaum intelektual,? yang berkonflik dengan Indische Kerk (GPI).
Permasalahan dalam penulisan ini, adalah "bagaimana pengaruh politik kolonial Belanda dalam Indische Kerk dan dampaknya pada kepentingan kaum intelektual di Minahasa?" Lebih khusus, "pengaruh kekuasaan Indische Kerk terhadap status dan hak kaum intelektual Minahasa dalam kehidupan gereja?". Permasalahan ini, kemudian dirumuskan sebagai berikut: "mengapa terjadi konflik otonomi gereja antara kaum intelektual dengan Indische Kerk di Minahasa?" dan "mengapa konflik otonomi gereja itu berlangsung begitu lama antara tahun 1915-1979?". Tujuan penulisan ialah menemukan faktor penyebab terjadinya konflik, dan menjelaskan wawasan perjuangan kaum intelektual dalam konflik otonomi gereja di Minahasa, serta faktor-faktor penyebab lamanya konflik itu. Manfaat penulisan, untuk mengisi kesenjangan yang terjadi dalam penulisan sejarah Minahasa dalam kurun waktu yang dikaji, terutama peran kaum intelektual dalam konflik otonomi gereja.
Pendekatan dalam penulisan adalah pendekatan Strukturis dari Christopher Lloyd, dengan metode pengumpulan data ialah metode sejarah oleh Marc Bloch, dan eksplanasi fakta menggunakan teori "Collective Action" oleh Charles Tilly, proactive collective action dari tiga macam polity model dalam teori tersebut. Sumber data diperoleh dari arsip GMIM (terutama surat-surat rahasia tentang konflik tersebut), naskah-naskah dari KGPM, Arsip Nasional Republik Indonesia, wawancara dan literatur lain yang berkaitan.
Konflik ini didorong oleh kepentingan kelompok, yaitu "status dan hak", dari guru-guru zending, guru jemaat, dan majelis gereja yang diabaikan dalam struktur kerja Indische Kerk di Minahasa. Akibatnya, mereka berjuang menuntut persamaan dengan pegawai, terutama sesamanya Inlands Leraar (Guru Injil) dalam lingkungan Indische Kerk. Untuk mendapatkan dukungan dari massa, maka perjuangan itu dikaitkan dengan persoalan tuntutan "otonomi gereja di Minahasa". Mereka juga mendapatkan dukungan dari politisi nasional asal Minahasa pada tahun 1930-an, seperti Sam Ratulangi, Dr. R. Tumbelaka, dan Mr. A.A. Maramis. Dengan dukungan itu, maka 11 Maret 1933 di Manado, dibentuklah Badan Pengurus Organisasi Gereja. Badan ini, diketuai Joseph Jacobus dan B.W. Lapian, sebagai sekretaris. Selanjutnya, Badan ini mendeklarasikan berdirikannya "Kerapatan Gereja Protestan Minahasa (KGPM)", pada 21 April 1933 di Manado. Menyusul berdirinya KGPM, maka pemerintah kolonial dan Indische Kerk, merestui berdirinya "Gereja Masehi Injil Minahasa (GMIM), pada 30 September 1934 di Tomohon Minahasa.
Persoalan konflik setelah berdirinya GMIM, diwarnai oleh latar sejarah dari kedua gereja, sedangkan sesudah kemerdekaan Indonesia, konflik lebih disebabkan masalah politik, yaitu gereja yang para tokoh pejuangnya, adalah berjiwa nasionalis Indonesia (KGPM), dan gereja yang merupakan hadiah atau warisan penjajah Belanda (GMIM). Akibat dari pandangan yang berbeda itu, maka konflik berlangsung secara tertutup, dan sulit untuk mempertemukan kedua belah pihak untuk menyelesaikan konflik tersebut.
Causal factor, "konflik otonomi Gereja di Minahasa", adalah orientasi diri orang Minahasa, yang pada umumnya cenderung memproyeksikan diri sebagai "pemimpin", karena dengan menjadi pemimpin, maka status mereka lebih tinggi dari sesamanya, sehingga dihargai dan disapa dengan "boss". Ironisnya, orientasi ini kemudian dibawa ke dalam kehidupan gereja, sehingga jabatan dalam organisasi gereja diperebutkan setiap individu yang ingin mengaktualisasikan diri sebagai "pemimpin" atau "pejabat". Akibatnya, fungsi jabatan pejabat gereja, yang adalah "pelayan" atau "hamba", dalam melayani jemaat, dijadikan jabatan demi status, hormat, dan materi. Di samping itu, karena pengaruh "pietisme" dari para Zendeling di Minahasa, yang tidak mempedulikan masalah organisasi dalam pekerjaan gereja."
